Une facture fournisseur non conforme est une facture qui ne respecte pas les mentions légales obligatoires, qui n’est pas émise dans le format électronique exigé par la réforme de la facturation électronique (RFE) ou qui ne correspond pas à ce qui a été commandé et réceptionné. Dans tous les cas, elle ne doit pas être payée en l’état.
Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques. Voici comment identifier une facture non conforme, mesurer les risques et organiser son traitement afin de garantir le respect de votre politique Achats.

Qu’est-ce qu’une facture fournisseur non conforme ?

Une facture fournisseur est non conforme lorsqu’elle présente une anomalie de forme ou de fond. Distinguer les deux vous permet aussi d’orienter le traitement que vous aurez à en faire :

• la première relève de la réglementation française, en lien avec la RFE ;
• la seconde de l’exécution du contrat, en lien avec votre politique Achats.

Non-conformité légale : mentions obligatoires manquantes ou erronées

Une facture entre professionnels doit comporter une série de mentions listées par economie.gouv.fr : identité et adresse des parties, numéros de TVA intracommunautaire, numéro unique et chronologique, date d’émission, date de livraison, numéro de bon de commande s’il existe, désignation, quantité, prix unitaire HT, taux de TVA, totaux HT et TTC, date d’échéance, conditions d’escompte, pénalités de retard et indemnité forfaitaire de 40 € pour frais de recouvrement.

Non-conformité opérationnelle : écart avec la commande ou la réception

Dans ce cas, la facture peut être légalement irréprochable et pourtant non conforme avec la politique Achats et la commande d’achat. Les écarts les plus courants :

• Écart de prix : tarif différent du prix négocié ou contractuel.
• Écart de quantité : quantité facturée supérieure à la quantité réceptionnée.
• Article non commandé, ou livraison partielle facturée en totalité.
• Doublon : même facture reçue deux fois, par deux canaux différents.
• Facture sans commande : achat réalisé hors processus.

Ces écarts naissent la plupart du temps en amont : commandes passées hors outil ou hors processus, réceptions non saisies, ou encore conditions contractuelles non ou mal partagées.

Quels sont les risques d’une facture non conforme ?

Il existe trois grandes familles de risques : fiscaux, relationnels et opérationnels.

Sanctions fiscales et perte du droit à déduction de TVA

Côté émetteur, l’article 1737 du Code général des impôts prévoit une amende de 15 € par omission ou inexactitude, plafonnée au quart du montant de la facture. Le Code de commerce (art. L441-9) sanctionne en outre les manquements aux règles de facturation d’une amende administrative pouvant atteindre 75 000 € pour une personne physique et 375 000 € pour une personne morale, montants doublés en cas de réitération dans un délai de deux ans.

Depuis la mise en œuvre de la RFE pour les ETI et grandes entreprises, s’y ajoute une amende de 50 € par facture non émise sous forme électronique, plafonnée à 15 000 € par année civile (article 1737 du CGI). Le ministère de l’Action et des Comptes publics a toutefois annoncé qu’« aucune sanction ne sera appliquée en 2026 » (communiqué du 1er septembre 2026) : cette tolérance court jusqu’au 31 décembre 2026 et ne suspend pas l’obligation elle-même.

Côté acheteur, ne pas recourir à une Plateforme Agréée pour recevoir ses factures expose, après mise en demeure, à une amende de 500 €, puis de 1 000 € par trimestre. Sans compter que le risque porte également sur la TVA déductible, qui suppose la détention d’une facture régulière.

Blocage du paiement et tension avec le fournisseur

Mettre une facture en attente est légitime. Ce qui ne l’est pas, c’est de la bloquer sans fournir d’explication. Les délais de paiement légaux (60 jours à compter de la date d’émission ou 45 jours fin de mois, selon l’article L441-10 du Code de commerce) encadrent le règlement, et un blocage non notifié est automatiquement perçu par le fournisseur comme un retard de paiement. Pour une PME fournisseur, l’impact sur la trésorerie est direct, et la relation fournisseur peut très rapidement se dégrader.

Retard de traitement et surcharge des équipes comptables

Ce dernier point relève de l’organisation : chaque facture non conforme génère des tâches sans valeur ajoutée (recherche du bon de commande, relance du demandeur, échanges avec le fournisseur, ressaisie). À grande échelle, elles retardent la clôture comptable et faussent le calcul des factures non parvenues (FNP).

Comment traiter une facture fournisseur non conforme ?

Le traitement d’une facture non conforme suit trois étapes : contrôler, notifier, tracer. La règle de base : l’acheteur ne corrige jamais lui-même une facture reçue, seul l’émetteur peut le faire.

Vérifier la facture par rapport au bon de commande et à la réception

Première étape indispensable : la vérification, le contrôle de référence est le rapprochement à trois voies (3-way match). Le principe est le suivant : la facture est comparée au bon de commande (prix, références, conditions) et au bon de réception (quantités effectivement livrées). S’y ajoute la vérification des mentions obligatoires. Des seuils de tolérance évitent de bloquer une facture pour un écart d’arrondi, par exemple.

Notifier le fournisseur et demander une facture rectificative ou un avoir

La notification doit être écrite, rapide et précise : numéro de facture, motif de l’écart, pièce justificative. Le document attendu dépend de la situation :

Dans tous les cas, le document correctif doit faire référence de manière précise à la facture initiale (article 289 du CGI).

Tracer le litige jusqu’à sa résolution

Chaque litige doit être historisé : motif, interlocuteurs, relances, document correctif, date de mise en paiement. Cette traçabilité sécurise la piste d’audit et alimente l’évaluation des fournisseurs : le taux de factures non conformes est un indicateur utile de la qualité administrative d’un partenaire.

Un logiciel Procure-to-Pay pour éviter et traiter les factures non conformes

Lorsque commande, réception et facture partagent le même référentiel, les écarts deviennent visibles immédiatement. Vous gagnez du temps, à condition de mettre en place une solution Procure-to-Pay qui automatise et sécurise vos flux.

Rapprochement automatique commande / réception / facture

La solution Oxalys rapproche automatiquement la facture reçue avec les éléments de la commande ou des réceptions effectuées et donne un accès facile à tous vos documents associés. Les factures sont intégrées par numérisation (LAD/RAD) ou par EDI, et la réception est saisie sur trois niveaux : annoncé, compté, accepté.

Détection immédiate des écarts et gestion assistée des litiges

Avec un rapprochement paramétrable, seuls les écarts donnent lieu à une intervention manuelle, et les anomalies sont documentées dans un module de gestion des litiges et des incidents pour plus de lisibilité.

Workflow de validation avant mise en paiement

Autre point clé dans le processus : le circuit de validation. Avec Oxalys P2P, aucune facture en écart ne part en paiement sans validation : le workflow d’approbation paramétrable, assorti d’alertes et de la gestion des bons à payer (BAP), organise le circuit entre acheteurs, demandeurs et comptabilité.

Vue consolidée des engagements et anomalies fournisseurs

Les engagements étant connus en temps réel, Oxalys calcule les FNP et les charges constatées d’avance. Les données alimentent ainsi le spend management pour le reporting, et le portail fournisseurs permet à vos fournisseurs de consulter leurs factures et leurs statuts, ce qui réduit les relances.

Factures non conformes : une solution P2P vous libère des coûts et des risques

Vous l’avez compris : si une facture fournisseur non conforme se traite en trois temps (contrôler la facture, notifier le fournisseur et tracer le litige jusqu’à sa résolution), l’enjeu est ailleurs, en amont.

Avec la réforme de la facturation électronique, la conformité ne porte plus seulement sur les mentions et les montants : elle concerne aussi le format. La tolérance annoncée pour 2026 laisse le temps de s’organiser, sans dispenser de se mettre en conformité. En rapprochant automatiquement commande, réception et facture, un logiciel Procure-to-Pay comme Oxalys réduit les écarts à la source et recentre les équipes achats et comptables sur les seules anomalies réelles.